El Instituto de Economía forma parte del Departamento de Economía de la Facultad de Ciencias Económicas y de Administración de la Universidad de la República.
Su cometido principal es crear conocimiento en base a tres ejes: la realización de investigaciones de alta calidad en el marco del pluralismo como principio epistemológico; el fomento activo a la formación permanente de investigadores jóvenes, y el relacionamiento con la sociedad a través de la creación de conocimiento.
La gestión del Instituto es responsabilidad de la Dirección, que es una función que asume un investigador consolidado de IECON de manera rotativa cada dos años. En esa función se reporta al Consejo de Dirección del Departamento de Economía y a la sala de investigadores. Desde junio de 2022 la Directora del Instituto de Economía es Verónica Amarante.
Los lineamientos de gestión se basan en los objetivos estratégicos que se plasman en los planes que se elaboran de manera colectiva en IECON desde 2008 y que actualmente se hacen en el marco del Departamento de Economía.
El trabajo de investigación se organiza en grupos, que actualmente son nueve: